Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
Personne n'a encore pris cette issue.
Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 35/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- Calme
- Stack technique
- python
- Domaine
- backend-api-design
Piste de recherche
No source files, tests, or entry points are named. Start by reviewing issues #482 and #480 and confirming whether SciML is the only use case; design an API for mapping-table-contributed parameters, then implement and test the validation behavior.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Background
This issue summarises the question of whether the mapping table should be allowed to contribute additional valid entries to the parameter table. This came up during review of #482 and #480.
For currently supported model types (SBML, PySB), the assumption has been that the mapping table would not introduce additional valid parameter table entries.
However, Petab-SciML requires this kind of mapping table contribution. For example, a network parameter group net1.parameters could be assigned a PEtab ID (e.g. net_ps) in the mapping table, and that ID would then appear in the parameters table with its bounds and priors. In this case, the mapping table does need to feed into parameter table validation.
Open questions
- Are SciML problems the only use case where mapping table entries need to be treated as valid parameter table parameters?
- What API would be needed to validate parameters contributed by the mapping table?
- A SciML specific
ValidationTaskis one option
- A SciML specific
Next steps
- Confirm whether SciML is the only use case for this requirement
- Design the API to support it
- Implement and test
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 18
- Forks
- 9
- Merge moyen
- 1 j 21 h
- PR mergées (30 j)
- 25
Préparer son environnement
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Autres issues de PEtab-dev/libpetab-python
-
`petab1to2`: random column name for pre-existing `experimentId` columnPeut-être pris @dweindl l’a pris aujourd’hui. Ouverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 82/100
PEtab-dev/libpetab-python#568 · 1 personne assignée ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
`petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directoryOuverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 73/100
PEtab-dev/libpetab-python#566 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100
PEtab-dev/libpetab-python#549 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100
PEtab-dev/libpetab-python#525 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
`petablint` fails for PEtab v2 problems with only warningsPeut-être pris @dweindl l’a pris aujourd’hui. Ouverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100
PEtab-dev/libpetab-python#567 · 1 personne assignée ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
Toutes les issues de PEtab-dev/libpetab-python
Issues similaires
-
README.zh-CN/ja/es still hard-code 501 test counts after README.md went count-freePeut-être pris @Aaqibhafeezkhan l’a pris aujourd’hui. Ouvertebeginner documentation good first issue
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 75/100
BistaDinesh03/critique#164 · 1 commentaire ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
bug IO
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 65/100
MrNeRF/LichtFeld-Studio#3824 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
bug confirmed issue
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100
open-webui/open-webui#33200 · 1 commentaire ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Lychee link check failedOuverte
Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 72/100
-
The changelog workflow excludes otelbot but not dependabot, so every Dependabot pull request fails the changelog checkPeut-être pris @ocelotl l’a pris aujourd’hui. Ouverte
Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 82/100
open-telemetry/opentelemetry-python#5825 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 2 jours