`petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab
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Évaluation
- Difficulté
- 2/5
- Temps estimé
- 1-3 heures
- Accessibilité débutants
- 72/100
Piste de recherche
Commence dans le module petab.v1.math, où petab_math_str convertit les expressions sympy en chaînes PEtab, et reproduis les trois appels de l'issue pour observer la sortie nan et zoo*x. Vérifie comment sympify_petab rejette déjà le nom réservé nan, afin que la nouvelle vérification suive le même schéma. C'est terminé lorsque petab_math_str lève une ValueError pour les expressions contenant nan ou zoo, et qu'un test couvre les deux cas.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
NaN is not representable in PEtab (v2 spec: NUMERIC excludes NaN; math expressions: "neither is NaN (not-a-number)" supported; nan is a reserved keyword, "undefined in PEtab"). The same holds for sympy's complex infinity zoo.
Nevertheless, petab_math_str prints them, producing files that cannot be read:
import sympy as sp
from petab.v1.math import petab_math_str, sympify_petab
petab_math_str(sp.nan) # 'nan'
petab_math_str(sympify_petab("x / 0")) # 'zoo*x'
sympify_petab("nan") # ValueError: Use of reserved name 'nan'
petab_math_str should raise a ValueError for expressions containing nan or zoo, instead of silently writing invalid PEtab.
🤖 Drafted with AI assistance.
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 18
- Forks
- 9
- Merge moyen
- 1 j 8 h
- PR mergées (30 j)
- 21
Préparer son environnement
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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