Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- python
調査の方向性
No source files, tests, or entry points are named. Start by reviewing issues #482 and #480 and confirming whether SciML is the only use case; design an API for mapping-table-contributed parameters, then implement and test the validation behavior.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Background
This issue summarises the question of whether the mapping table should be allowed to contribute additional valid entries to the parameter table. This came up during review of #482 and #480.
For currently supported model types (SBML, PySB), the assumption has been that the mapping table would not introduce additional valid parameter table entries.
However, Petab-SciML requires this kind of mapping table contribution. For example, a network parameter group net1.parameters could be assigned a PEtab ID (e.g. net_ps) in the mapping table, and that ID would then appear in the parameters table with its bounds and priors. In this case, the mapping table does need to feed into parameter table validation.
Open questions
- Are SciML problems the only use case where mapping table entries need to be treated as valid parameter table parameters?
- What API would be needed to validate parameters contributed by the mapping table?
- A SciML specific
ValidationTaskis one option
- A SciML specific
Next steps
- Confirm whether SciML is the only use case for this requirement
- Design the API to support it
- Implement and test
- 主要言語
- Python
- スター
- 18
- フォーク
- 9
- 平均マージ
- 1日 8時間
- マージ済み PR（30日）
- 21
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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`petab1to2`: random column name for pre-existing `experimentId` column対応中かも このイシューにリンクされたプルリクエストがオープン中、またはマージ済みです。 オープン
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