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`petab1to2`: random column name for pre-existing `experimentId` column

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Évaluation

Difficulté
2/5
Temps estimé
1-3 heures
Accessibilité débutants
82/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Clairement spécifiée
Activité
Active
Stack technique
python
Domaine
data

Piste de recherche

Le renommage a lieu dans petab/v2/petab1to2.py ; commence par lire la gestion des conflits entre colonnes à cet endroit et les tests de conversion. Reproduis le problème avec le problème Brannmark_JBC2010 et compare les en-têtes de sortie d’une exécution à l’autre. La tâche est terminée lorsque les conversions répétées produisent un nom stable et significatif pour la colonne v1 et avertissent du renommage.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

If a v1 measurement table has an extra column experimentId, petab1to2 renames it to experiment_id_<uuid4> to make room for the v2 experimentId column (petab/v2/petab1to2.py). The output differs between conversions of the same problem, and the new column name carries no meaning.

import tempfile
from pathlib import Path

import benchmark_models_petab as bmp
from petab.v2.petab1to2 import petab1to2

yaml_v1 = bmp.get_problem_yaml_path("Brannmark_JBC2010")
for _ in range(2):
    with tempfile.TemporaryDirectory() as outdir:
        petab1to2(yaml_v1, outdir)
        header = Path(outdir, "measurements.tsv").read_text().split("\n")[0]
        print(header.split("\t"))

['experimentId', 'observableId', 'measurement', 'time', 'observableParameters', 'noiseParameters', 'experiment_id_fda2a0d7-e3d5-462c-a8db-544d13aff6e3', 'independentVariableId', 'datasetId']
['experimentId', 'observableId', 'measurement', 'time', 'observableParameters', 'noiseParameters', 'experiment_id_28c488f0-1acf-493b-bea4-d58f3eef7b19', 'independentVariableId', 'datasetId']

This affects Brannmark_JBC2010 and Isensee_JCB2018 in the benchmark collection, where experimentId groups measurements across simulation conditions (e.g., dose_response, one_step_time_response). Committing converted problems produces spurious diffs on every re-conversion.

Suggested fix: use a fixed name, e.g. experimentId_v1 (appending a counter only if that name is taken as well), and emit a warning about the rename.

🤖 Generated by an AI agent (Claude Code)

Langage dominant
Python
Étoiles
18
Forks
9
Merge moyen
1 j 8 h
PR mergées (30 j)
21

Préparer son environnement

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

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