Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)
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評估
- 難度
- 5/5
- 預估耗時
- 一週以上
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 類型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要釐清
- 活躍度
- 冷清
- 技術堆疊
- python
研究方向
No source files, tests, or entry points are named. Start by reviewing issues #482 and #480 and confirming whether SciML is the only use case; design an API for mapping-table-contributed parameters, then implement and test the validation behavior.
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Background
This issue summarises the question of whether the mapping table should be allowed to contribute additional valid entries to the parameter table. This came up during review of #482 and #480.
For currently supported model types (SBML, PySB), the assumption has been that the mapping table would not introduce additional valid parameter table entries.
However, Petab-SciML requires this kind of mapping table contribution. For example, a network parameter group net1.parameters could be assigned a PEtab ID (e.g. net_ps) in the mapping table, and that ID would then appear in the parameters table with its bounds and priors. In this case, the mapping table does need to feed into parameter table validation.
Open questions
- Are SciML problems the only use case where mapping table entries need to be treated as valid parameter table parameters?
- What API would be needed to validate parameters contributed by the mapping table?
- A SciML specific
ValidationTaskis one option
- A SciML specific
Next steps
- Confirm whether SciML is the only use case for this requirement
- Design the API to support it
- Implement and test
- 主要語言
- Python
- 星號
- 18
- 分支
- 9
- 平均合併
- 1 天 8 小時
- 30 天內合併 PR
- 21
環境準備
- 沒有 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 沒有 Pull Request 範本
- 閱讀貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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