INCATools

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• OLS embeddings: API ergonomics (obsolete terms in results, 500 for non-embeddable model, no bulk access)

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  INCATools/ontology-access-kit#918 · Ouverte le 5/10/2026

• OLS embeddings: text search (llm_search) misses exact label matches

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  INCATools/ontology-access-kit#917 · Ouverte le 5/10/2026

• OLS embeddings: vector search scores disagree with the served vectors (self-match < 1, ties)

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  INCATools/ontology-access-kit#916 · Ouverte le 5/10/2026

• OLS embeddings: similarity scores are (1 + cosine) / 2, not cosine (undocumented)

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  INCATools/ontology-access-kit#915 · Ouverte le 5/10/2026

• Review the relevance of development tools in ODKFull

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  INCATools/ontology-development-kit#1378 · Ouverte le 13/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Include uv

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  INCATools/ontology-development-kit#1375 · 3 commentaires · Ouverte le 11/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• precompute_lookups() costs 2.62 GB on NCBITaxon with no docstring or indication that cost scales with ontology size

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  INCATools/ontology-access-kit#910 · Ouverte le 10/9/2026

• prefix table: 774 redundant rows, and 3 prefixes carrying another resource's base

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  INCATools/semantic-sql#124 · Ouverte le 10/9/2026

• Several methods return set-derived lists, so their order changes between processes

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  INCATools/ontology-access-kit#909 · Ouverte le 9/9/2026

• Add Markdown formatting at end of ODK seed command

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 66/100

  INCATools/ontology-development-kit#1371 · 1 commentaire · Ouverte le 9/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Review release artefacts

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  INCATools/ontology-development-kit#1369 · 4 commentaires · Ouverte le 29/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Consistently use URIBASE / ONTBASE

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

  INCATools/ontology-development-kit#1367 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 16/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Must “export” release artefacts use a format-dependent ontology IRI?

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 56/100

  INCATools/ontology-development-kit#1366 · 4 commentaires · Ouverte le 16/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Can we release?

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 52/100

  INCATools/whelk-rs#35 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 15/8/2026

• Properly document `use_custom_import_module`

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 58/100

  INCATools/ontology-development-kit#1365 · 2 commentaires · Ouverte le 13/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Intel Macs are reaching their end-of-life

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  community random musing

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  INCATools/ontology-development-kit#1364 · 2 réactions · Ouverte le 4/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Extend UI to support a curie-curie view to help with Translator provenance

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

  INCATools/ubergraph#177 · Ouverte le 30/7/2026

• Remove upper version pin for python from OAK

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 58/100

  INCATools/ontology-access-kit#905 · 2 commentaires · Ouverte le 15/7/2026

• Unify the versions of all actions and updating them to latest

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 48/100

  INCATools/ontology-access-kit#904 · Ouverte le 15/7/2026

• tests/test_implementations/test_bioportal.py is fragile

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100

  INCATools/ontology-access-kit#903 · 3 commentaires · Ouverte le 15/7/2026

• Add Python 3.14 to the compatibility matrix

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

  INCATools/ontology-access-kit#901 · 3 commentaires · Ouverte le 14/7/2026

• Migrate direct raw-S3 bbop-sqlite consumers to the semanticsql CDN

  Peut-être à nouveau libre @caufieldjh l’a pris il y a 89 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  help wanted

  INCATools/semantic-sql#115 · 7 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 14/7/2026

• [bot] Cut a semsql release including the semanticsql.berkeleybop.io default

  Peut-être à nouveau libre @caufieldjh l’a pris il y a 89 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  enhancement

  INCATools/semantic-sql#114 · 2 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 14/7/2026

• Evaluate sqlite-zstd compression as alternative to gzip

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  enhancement

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  INCATools/semantic-sql#111 · 1 commentaire · Ouverte le 2/7/2026

• Epic: reduce dependencies on central sqlite database

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  INCATools/ontology-access-kit#889 · Ouverte le 2/7/2026

• Ubergraph descendants() treats bare string CURIE input as characters

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100

  INCATools/ontology-access-kit#887 · Ouverte le 20/6/2026

• OLS adapter graph traversal lacks descendants() and reflexive keyword parity

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  INCATools/ontology-access-kit#886 · Ouverte le 20/6/2026

• OLS adapter label() returns None for OLS4 term payloads

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 62/100

  INCATools/ontology-access-kit#885 · Ouverte le 20/6/2026

• Proposed new module type: minimal

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  enhancement needs discussion

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 38/100

  INCATools/ontology-development-kit#1352 · 18 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 19/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• The ODK needs its own reference documentation

  Peut-être à nouveau libre @gouttegd l’a pris il y a 118 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  documentation

  INCATools/ontology-development-kit#1351 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 15/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• Provenance?

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  INCATools/ubergraph#174 · 1 commentaire · Ouverte le 7/6/2026

• Slow "naive approach" root detection: no adapter overrides the base impl, hits noticeably at 2.7M-node scale

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

  INCATools/ontology-access-kit#881 · 1 commentaire · Ouverte le 20/5/2026

• Reduce S3 egress costs for bbop-sqlite database downloads

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  INCATools/ontology-access-kit#880 · Ouverte le 11/5/2026

• axioms of `info` output have wrong labels

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  INCATools/ontology-access-kit#877 · Ouverte le 8/5/2026

• Schema: add author_label_column, author_synonym_columns,

  Peut-être à nouveau libre @ubyndr l’a pris il y a 184 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  INCATools/pandasaurus_cxg#100 · 1 personne assignée · Ouverte le 10/4/2026

• Optimize horned-owl text search for large local OWL ontologies

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  INCATools/ontology-access-kit#871 · Ouverte le 7/4/2026

• Warn users not to use make -B in their workflows

  Peut-être à nouveau libre @gouttegd l’a pris il y a 191 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  INCATools/ontology-development-kit#1333 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 3/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• oaklib fails to import with linkml-runtime 1.10.0: Format.JSON removed

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  INCATools/ontology-access-kit#867 · 1 commentaire · Ouverte le 1/4/2026

• Revise documentation

  Peut-être à nouveau libre @gouttegd l’a pris il y a 195 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  documentation

  INCATools/ontology-development-kit#1330 · 1 réaction · 1 personne assignée · Ouverte le 30/3/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours

• feature request: enhance term enrichment figures

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  INCATools/ontology-access-kit#866 · 1 commentaire · Ouverte le 24/3/2026

• broken link in enrichment demo

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  Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 68/100

  INCATools/ontology-access-kit#865 · Ouverte le 23/3/2026

• using semantic sql in R: a vignette

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  INCATools/semantic-sql#106 · 3 commentaires · Ouverte le 22/3/2026

• HPOA parser does not account for negation qualifier

  Ouverte

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  INCATools/ontology-access-kit#862 · Ouverte le 26/2/2026

• Chore: Getting SADeprecationWarning in SQL code

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  INCATools/ontology-access-kit#861 · 1 commentaire · Ouverte le 24/2/2026

• Chore: Curies currently needs to be locked to version 11

  Peut-être à nouveau libre @DnlRKorn l’a pris il y a 233 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  INCATools/ontology-access-kit#855 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 20/2/2026

• Chore: Gilda annotate changes return data format in release 1.5.0

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  INCATools/ontology-access-kit#854 · Ouverte le 20/2/2026

• Chore: Backslash character in test data causes pronto to have error

  Ouverte

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  INCATools/ontology-access-kit#853 · 8 commentaires · Ouverte le 20/2/2026

• Chore: gen-doc commands in fails when linkml>=1.9

  Peut-être à nouveau libre @DnlRKorn l’a pris il y a 233 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  INCATools/ontology-access-kit#850 · 7 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 20/2/2026

• Allow exceptions when checking alignment

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  INCATools/odk-robot-plugin#6 · Ouverte le 26/1/2026

• Replace `dataclasses-jsonschema`

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  INCATools/odkcore#1 · Ouverte le 25/12/2025

  Les mainteneurs répondent en général sous 4 jours