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Proposal to migrate `DelayedMask` to the DelayedArray package

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
20/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
data, performance

Piste de recherche

Commencez par examiner l’implémentation de DelayedMask dans alabaster.matrix et la gestion différée de [<- de DelayedArray, notamment DelayedNaryIsoOp et les appels à extract_*_array(). Déterminez si la migration ou le masquage généralisé doit relever de DelayedArray et documentez le comportement proposé ainsi que les compromis en matière d’efficacité ; l’achèvement nécessite un périmètre d’implémentation convenu ou une décision des maintainers.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

My alabaster.matrix package has a DelayedMask class that replaces all instances of a placeholder with an NA value during extract_*_array() calls. Essentially, it is equivalent to:

library(DelayedArray)
y <- DelayedArray(matrix(rbinom(100, 1, 0.2), ncol=5))
placeholder <- 1

z <- y
z[z == placeholder] <- NA

# Gives the same (abstract) matrix contents as:
alabaster.matrix::DelayedMask(y, placeholder)

AFAICT the DelayedMask approach should be more efficient as the DelayedMask only realizes one matrix while the delayed [<- requires realization of both z and z == placeholder. (Currently DelayedMask is literally for masking NAs but it could be generalized to handle more boolean operations, e.g., so z[z > cap] <- cap could be used to upper-bound the contents of the matrix.)

Would this be of interest to the DelayedArray package? Perhaps there might be an easy way that we can detect that the logical subset is generated from the same matrix that it is operating on in [<-, and switch from creating a DelayedNaryIsoOp to a DelayedMask.

Langage dominant
R
Étoiles
29
Forks
12
Aucune PR mergée en 30 j

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Par où commencer

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