Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 28/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Review the RFdiffusion repository's existing command-line usage and compare it with the symmetric-oligomer workflow described in the issue. Document an example script or command line covering binder design followed by generation of symmetric oligomers with the binder motif at the solvent-exposed interface.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi All,
I am an experimental researcher working in the field of structural biology. I am currently trying to design symmetric oligomers that can bind to my protein at a solvent-exposed surface. The concept is similar to the ACE2 mimic AHB2 (left, teal) against the SARS-CoV-2 spike trimer described in Baker’s publication (https://doi.org/10.1038/s41586-023-06415-8)
However, I haven’t been able to find an example command line for this in the GitHub repository.
From what I understand, the workflow would be:
- First design a small binder targeting the protein.
- Then generate symmetric oligomers that incorporate the binder motif at the solvent-exposed interface.
Could you kindly provide an example script or command line for creating symmetric oligomers?
Best regards,
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 3.1k
- Forks
- 652
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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