Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein
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Évaluation
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Accessibilité débutants
- 28/100
- Type d'issue
- Documentation
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- python
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Review the RFdiffusion repository's existing command-line usage and compare it with the symmetric-oligomer workflow described in the issue. Document an example script or command line covering binder design followed by generation of symmetric oligomers with the binder motif at the solvent-exposed interface.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Hi All,
I am an experimental researcher working in the field of structural biology. I am currently trying to design symmetric oligomers that can bind to my protein at a solvent-exposed surface. The concept is similar to the ACE2 mimic AHB2 (left, teal) against the SARS-CoV-2 spike trimer described in Baker’s publication (https://doi.org/10.1038/s41586-023-06415-8)
However, I haven’t been able to find an example command line for this in the GitHub repository.
From what I understand, the workflow would be:
- First design a small binder targeting the protein.
- Then generate symmetric oligomers that incorporate the binder motif at the solvent-exposed interface.
Could you kindly provide an example script or command line for creating symmetric oligomers?
Best regards,
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 3.1k
- Forks
- 652
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
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