Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 28/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
Review the RFdiffusion repository's existing command-line usage and compare it with the symmetric-oligomer workflow described in the issue. Document an example script or command line covering binder design followed by generation of symmetric oligomers with the binder motif at the solvent-exposed interface.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi All,
I am an experimental researcher working in the field of structural biology. I am currently trying to design symmetric oligomers that can bind to my protein at a solvent-exposed surface. The concept is similar to the ACE2 mimic AHB2 (left, teal) against the SARS-CoV-2 spike trimer described in Baker’s publication (https://doi.org/10.1038/s41586-023-06415-8)
However, I haven’t been able to find an example command line for this in the GitHub repository.
From what I understand, the workflow would be:
- First design a small binder targeting the protein.
- Then generate symmetric oligomers that incorporate the binder motif at the solvent-exposed interface.
Could you kindly provide an example script or command line for creating symmetric oligomers?
Best regards,
- 主要语言
- Python
- 星标
- 3.1k
- 派生
- 652
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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