Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein
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Bewertung
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Anfängerfreundlichkeit
- 28/100
- Issue-Typ
- Dokumentation
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- bioinformatics
Rechercherichtung
Review the RFdiffusion repository's existing command-line usage and compare it with the symmetric-oligomer workflow described in the issue. Document an example script or command line covering binder design followed by generation of symmetric oligomers with the binder motif at the solvent-exposed interface.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
Hi All,
I am an experimental researcher working in the field of structural biology. I am currently trying to design symmetric oligomers that can bind to my protein at a solvent-exposed surface. The concept is similar to the ACE2 mimic AHB2 (left, teal) against the SARS-CoV-2 spike trimer described in Baker’s publication (https://doi.org/10.1038/s41586-023-06415-8)
However, I haven’t been able to find an example command line for this in the GitHub repository.
From what I understand, the workflow would be:
- First design a small binder targeting the protein.
- Then generate symmetric oligomers that incorporate the binder motif at the solvent-exposed interface.
Could you kindly provide an example script or command line for creating symmetric oligomers?
Best regards,
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 3.1k
- Forks
- 652
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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