RosettaCommons/RFdiffusion

Code for running RFdiffusion

Estrellas: 3.1k
Forks: 644
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 222

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 15/7/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Designing a symmetric binder Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#456 · 3 comentarios · Abierto el 8/6/2026
Two-sided partial diffusion with sequence gaps? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#453 · 1 comentario · Abierto el 18/5/2026
RF diffusion colab- RMSD Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#449 · Abierto el 3/4/2026
5070Ti cuda error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#444 · 6 comentarios · Abierto el 17/3/2026
Deformation of coordinate space Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#443 · Abierto el 24/2/2026
Job crash (Segmentation fault) during run Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#442 · Abierto el 20/2/2026
Contradiction between RFD3 design and AF3 prediction Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#440 · 3 comentarios · Abierto el 27/1/2026
How to make it work properly on CUDA 13 with an RTX 5090? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

RosettaCommons/RFdiffusion#439 · 1 comentario · Abierto el 14/1/2026
The Colab notebook Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

RosettaCommons/RFdiffusion#438 · 2 comentarios · Abierto el 9/1/2026
Numpy problem when running with Docker Abierto

RosettaCommons/RFdiffusion#435 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 12/12/2025
The cyclic peptides generated by RFdiffusion are not closed. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#434 · 1 comentario · Abierto el 8/12/2025
Error: Multiple chain IDs in chain: {'A', 'B'} Abierto

RosettaCommons/RFdiffusion#432 · 3 reacciones · 1 asignado · Abierto el 6/12/2025
Primary config directory not found. Abierto

RosettaCommons/RFdiffusion#431 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 3/12/2025
With symmetry, Hydra throws minor warning Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

RosettaCommons/RFdiffusion#427 · Abierto el 23/11/2025
Seeking guidance on hotspot specification and unexpected results Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#423 · 2 comentarios · Abierto el 18/11/2025
outdated requirements, how to install on cuda 12.x and python 3.11 or later ? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#422 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 17/11/2025
Installation support for Windows / WSL users (CUDA, DGL, cu117 issues) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#421 · 1 comentario · Abierto el 13/11/2025
How to generate multiple helices instead of one long helix when extending a protein backbone with RFdiffusion？ Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#414 · 3 comentarios · Abierto el 23/10/2025
AME Benchmark Clarification Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#412 · 2 comentarios · Abierto el 18/10/2025
Cannot install RFDiffusion on VM with X86-64, pytorch_cuda-12.8.1, RTX 5090 GPU Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 28/100

RosettaCommons/RFdiffusion#411 · 4 comentarios · Abierto el 17/10/2025
AttributeError: 'SelfConditioning' object has no attribute 'idx_pdb' Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#408 · 2 comentarios · Abierto el 28/9/2025
Cyclic peptide design issues Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#406 · 2 comentarios · Abierto el 27/9/2025
Question: RFpeptides Branch - Should I clone the branch directly or merge with main for containerization? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#405 · 3 comentarios · Abierto el 26/9/2025
Missing sidechain of target in output Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#403 · 6 comentarios · Abierto el 23/9/2025
Cyclic peptide structure prediction Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#401 · 1 comentario · Abierto el 16/9/2025
No cyclic backbones are generated with RFpeptide! Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#400 · 4 comentarios · Abierto el 16/9/2025
Succes rate Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#399 · 5 comentarios · Abierto el 11/9/2025
Cannot install RFDiffusion on aarch 64, Ubuntu 22.04, CUDA 12.8 (GH200 GPUs) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#398 · 8 comentarios · Abierto el 7/9/2025
different protein samples Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#397 · Abierto el 4/9/2025
Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 28/100

RosettaCommons/RFdiffusion#396 · 2 comentarios · Abierto el 29/8/2025
RFdiffusion Colab Setup Cell Not Working: ModuleNotFoundError: torchdata.datapipes Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#394 · 1 comentario · Abierto el 22/8/2025
No module named 'yaml' Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#393 · Abierto el 21/8/2025
Decreasing Success Rate in Binder Design Across Repeated, Independent Runs with Identical Parameters Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#391 · 4 comentarios · Abierto el 21/8/2025
Question: Exploring the Optimal Range for Denoising Timesteps (Iterations) in Binder Design Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#389 · 4 comentarios · Abierto el 18/8/2025
partial diffusion with an antibody-antigen complex structure Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#388 · 1 comentario · Abierto el 17/8/2025
Example of Improved Protein Binder Design Using Beta-Pairing Targeted RFdiffusion Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#385 · 1 reacción · Abierto el 12/8/2025
RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied (192721x92 and 103x64) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 10/100

RosettaCommons/RFdiffusion#384 · 1 comentario · Abierto el 6/8/2025
Problem while installing LigandMPNN Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#383 · 2 comentarios · Abierto el 5/8/2025
RFPpeptides protocol Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#375 · 12 comentarios · Abierto el 24/7/2025
Inquiry Regarding Running RFdiffusion Colab Notebook (diffusion.ipynb) on ARM64 Architecture (Jupyter Notebook Attempt Failed) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#374 · 6 comentarios · Abierto el 23/7/2025
[Bug] ModuleNotFoundError: No module named 'torchdata.datapipes' on Linux aarch64 (DGL incompatibility) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#373 · 2 comentarios · Abierto el 22/7/2025
RuntimeError: PytorchStreamReader failed reading zip archive: failed finding central directory Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#372 · Abierto el 19/7/2025
why cyclic peptide doesnt work for chain b Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#371 · 1 comentario · Abierto el 18/7/2025
RuntimeError: CUDA error: CUBLAS_STATUS_NOT_INITIALIZED when calling `cublasCreate(handle)` Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#369 · 2 comentarios · Abierto el 17/7/2025
Possible error in receptor_con_hal_idx0 variable in trb file Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#368 · 1 reacción · Abierto el 16/7/2025
Picking Hotspot Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#367 · 1 comentario · Abierto el 16/7/2025
Question on intended bin definitions for L2D Loss in RFDiffusion Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#366 · Abierto el 15/7/2025
Design cyclic peptides with disulfide cyclization Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#364 · 1 comentario · Abierto el 10/7/2025
Issue with Cyclic Peptide Generation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 32/100

RosettaCommons/RFdiffusion#363 · 11 comentarios · Abierto el 10/7/2025
Incorrect output pdb format after binder design on Colab notebook Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#362 · 4 comentarios · Abierto el 8/7/2025

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