Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 28/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
Review the RFdiffusion repository's existing command-line usage and compare it with the symmetric-oligomer workflow described in the issue. Document an example script or command line covering binder design followed by generation of symmetric oligomers with the binder motif at the solvent-exposed interface.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi All,
I am an experimental researcher working in the field of structural biology. I am currently trying to design symmetric oligomers that can bind to my protein at a solvent-exposed surface. The concept is similar to the ACE2 mimic AHB2 (left, teal) against the SARS-CoV-2 spike trimer described in Baker’s publication (https://doi.org/10.1038/s41586-023-06415-8)
However, I haven’t been able to find an example command line for this in the GitHub repository.
From what I understand, the workflow would be:
- First design a small binder targeting the protein.
- Then generate symmetric oligomers that incorporate the binder motif at the solvent-exposed interface.
Could you kindly provide an example script or command line for creating symmetric oligomers?
Best regards,
- 主要言語
- Python
- スター
- 3.1k
- フォーク
- 652
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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