Picking Hotspot
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- machine-learning
Línea de trabajo
Start with the Design Binder hotspot definition quoted in the issue and the target complex obtained from PDB. Determine how hotspot selection should be handled when the target is bound to a small molecule, then document the applicable procedure and its completion criteria. No source file or test is named, so project structure and existing guidance will need to be located first.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello community, In the Design Binder feature of RFdiffusion, the authors have stated that “define an interface hotspot residues as any residue on the target chain that is within 10 Angstrom Cbeta-Cbeta distance of the binder chain.” As I understand, their “binder” here is protein/peptide. However, my target (I got it from PBD) is in a complex with a small molecule. So, in my case, how can I pick hotspots?
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 3.1k
- Forks
- 652
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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