Picking Hotspot
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Évaluation
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Documentation
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- python
- Domaine
- machine-learning
Piste de recherche
Start with the Design Binder hotspot definition quoted in the issue and the target complex obtained from PDB. Determine how hotspot selection should be handled when the target is bound to a small molecule, then document the applicable procedure and its completion criteria. No source file or test is named, so project structure and existing guidance will need to be located first.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Hello community, In the Design Binder feature of RFdiffusion, the authors have stated that “define an interface hotspot residues as any residue on the target chain that is within 10 Angstrom Cbeta-Cbeta distance of the binder chain.” As I understand, their “binder” here is protein/peptide. However, my target (I got it from PBD) is in a complex with a small molecule. So, in my case, how can I pick hotspots?
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 3.1k
- Forks
- 652
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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