Picking Hotspot
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- machine-learning
Direzione di ricerca
Start with the Design Binder hotspot definition quoted in the issue and the target complex obtained from PDB. Determine how hotspot selection should be handled when the target is bound to a small molecule, then document the applicable procedure and its completion criteria. No source file or test is named, so project structure and existing guidance will need to be located first.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello community, In the Design Binder feature of RFdiffusion, the authors have stated that “define an interface hotspot residues as any residue on the target chain that is within 10 Angstrom Cbeta-Cbeta distance of the binder chain.” As I understand, their “binder” here is protein/peptide. However, my target (I got it from PBD) is in a complex with a small molecule. So, in my case, how can I pick hotspots?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 3.1k
- Fork
- 652
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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