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ICD-10-CM codes captured and not captured in charlson.sql

Offen
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Bewertung

Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit
45/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Ruhig
Tech-Stack
sql
Bereich
databases

Rechercherichtung

Beginne mit mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql etwa bei Zeile 305 und vergleiche dessen ICD-10-CM-Zuordnungen mit der im Issue zitierten Definition von Quan et al. (2005). Kläre, wie C4A, C7A und C7B klassifiziert werden sollten, aktualisiere dann die Zuordnung, sodass das SQL mit dieser Entscheidung konsistent ist, und überprüfe die betroffenen Codes.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

ICD-10-CM have three categories which are not part of the WHO ICD-10 and as such are not defined in Quan et.al (2005)

  • C4A: Merkel cell carcinoma
  • C7A: Malignant neuroendocrine tumors
  • C7B: Secondary neuroendocrine tumors

One of the lines in the SQL for mapping ICD-10 to malignant cancer has a possible positive unexpected side effect

https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/57069783095e7770e66ea97da264c0200078ddbf/mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql#L305

This will map C4A codes to malignant cancer. That seems conceptually okay but it opens the door for what to do with C7A and C7B codes.

If C4A is included in malignant cancer then shouldn't C7A codes?

Should C4A be excluded to be consistent with Quan et.al (2005)?

I think Merkel cells are part of the skin and since Quan et.al (2005) defines "any malignancy, including lymphoma and leukemia, except malignant neoplasm of skin" that C4A should be excluded?

Cancer is not my area of expertise, I honest have no idea. This is more of question of being consistent with the publication.

Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
3.4k
Forks
1.7k
Keine gemergten PRs in 30 T.

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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