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ICD-10-CM codes captured and not captured in charlson.sql

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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
45/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Plutôt claire
Activité
Calme
Stack technique
sql
Domaine
databases

Piste de recherche

Commencez par mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql vers la ligne 305 et comparez ses mappages ICD-10-CM avec la définition de Quan et al. (2005) citée dans l’issue. Déterminez comment C4A, C7A et C7B doivent être classés, puis mettez à jour le mappage afin que le SQL soit cohérent avec cette décision et examinez les codes concernés.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

ICD-10-CM have three categories which are not part of the WHO ICD-10 and as such are not defined in Quan et.al (2005)

  • C4A: Merkel cell carcinoma
  • C7A: Malignant neuroendocrine tumors
  • C7B: Secondary neuroendocrine tumors

One of the lines in the SQL for mapping ICD-10 to malignant cancer has a possible positive unexpected side effect

https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/57069783095e7770e66ea97da264c0200078ddbf/mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql#L305

This will map C4A codes to malignant cancer. That seems conceptually okay but it opens the door for what to do with C7A and C7B codes.

If C4A is included in malignant cancer then shouldn't C7A codes?

Should C4A be excluded to be consistent with Quan et.al (2005)?

I think Merkel cells are part of the skin and since Quan et.al (2005) defines "any malignancy, including lymphoma and leukemia, except malignant neoplasm of skin" that C4A should be excluded?

Cancer is not my area of expertise, I honest have no idea. This is more of question of being consistent with the publication.

Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
3.4k
Forks
1.7k
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

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Par où commencer

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