ICD-10-CM codes captured and not captured in charlson.sql
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
Línea de trabajo
Comienza con mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql alrededor de la línea 305 y compara sus mapeos de ICD-10-CM con la definición de Quan et al. (2005) citada en el issue. Resuelve cómo deben clasificarse C4A, C7A y C7B; después, actualiza el mapeo para que el SQL sea coherente con esa decisión y revisa los códigos afectados.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
ICD-10-CM have three categories which are not part of the WHO ICD-10 and as such are not defined in Quan et.al (2005)
- C4A: Merkel cell carcinoma
- C7A: Malignant neuroendocrine tumors
- C7B: Secondary neuroendocrine tumors
One of the lines in the SQL for mapping ICD-10 to malignant cancer has a possible positive unexpected side effect
This will map C4A codes to malignant cancer. That seems conceptually okay but it opens the door for what to do with C7A and C7B codes.
If C4A is included in malignant cancer then shouldn't C7A codes?
Should C4A be excluded to be consistent with Quan et.al (2005)?
I think Merkel cells are part of the skin and since Quan et.al (2005) defines "any malignancy, including lymphoma and leukemia, except malignant neoplasm of skin" that C4A should be excluded?
Cancer is not my area of expertise, I honest have no idea. This is more of question of being consistent with the publication.
- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 3.4k
- Forks
- 1.7k
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Aún no hemos revisado los archivos de configuración de este proyecto. Empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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