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ICD-10-CM codes captured and not captured in charlson.sql

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@acnimma já está trabalhando nisso.

Desde 12/7/2026.

  • #2043 de @acnimma — aberto
  • #2142 de @Chessing234 — aberto

Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Facilidade para iniciantes
45/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Pouca atividade
Stack de tecnologia
sql
Domínio
databases

Direção de pesquisa

Comece com mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql por volta da linha 305 e compare seus mapeamentos de ICD-10-CM com a definição de Quan et al. (2005) citada na issue. Determine como C4A, C7A e C7B devem ser classificados; em seguida, atualize o mapeamento para que o SQL seja consistente com essa decisão e revise os códigos afetados.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

ICD-10-CM have three categories which are not part of the WHO ICD-10 and as such are not defined in Quan et.al (2005)

  • C4A: Merkel cell carcinoma
  • C7A: Malignant neuroendocrine tumors
  • C7B: Secondary neuroendocrine tumors

One of the lines in the SQL for mapping ICD-10 to malignant cancer has a possible positive unexpected side effect

https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/57069783095e7770e66ea97da264c0200078ddbf/mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql#L305

This will map C4A codes to malignant cancer. That seems conceptually okay but it opens the door for what to do with C7A and C7B codes.

If C4A is included in malignant cancer then shouldn't C7A codes?

Should C4A be excluded to be consistent with Quan et.al (2005)?

I think Merkel cells are part of the skin and since Quan et.al (2005) defines "any malignancy, including lymphoma and leukemia, except malignant neoplasm of skin" that C4A should be excluded?

Cancer is not my area of expertise, I honest have no idea. This is more of question of being consistent with the publication.

Linguagem predominante
Jupyter Notebook
Estrelas
3.4k
Forks
1.7k
Nenhum PR com merge em 30d

Preparar o ambiente

Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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