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ICD-10-CM codes captured and not captured in charlson.sql

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
sql
Ambito
databases

Direzione di ricerca

Inizia da mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql intorno alla riga 305 e confronta le relative mappature ICD-10-CM con la definizione di Quan et al. (2005) citata nell’issue. Determina come dovrebbero essere classificati C4A, C7A e C7B, quindi aggiorna la mappatura in modo che SQL sia coerente con tale decisione e verifica i codici interessati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

ICD-10-CM have three categories which are not part of the WHO ICD-10 and as such are not defined in Quan et.al (2005)

  • C4A: Merkel cell carcinoma
  • C7A: Malignant neuroendocrine tumors
  • C7B: Secondary neuroendocrine tumors

One of the lines in the SQL for mapping ICD-10 to malignant cancer has a possible positive unexpected side effect

https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/57069783095e7770e66ea97da264c0200078ddbf/mimic-iv/concepts/comorbidity/charlson.sql#L305

This will map C4A codes to malignant cancer. That seems conceptually okay but it opens the door for what to do with C7A and C7B codes.

If C4A is included in malignant cancer then shouldn't C7A codes?

Should C4A be excluded to be consistent with Quan et.al (2005)?

I think Merkel cells are part of the skin and since Quan et.al (2005) defines "any malignancy, including lymphoma and leukemia, except malignant neoplasm of skin" that C4A should be excluded?

Cancer is not my area of expertise, I honest have no idea. This is more of question of being consistent with the publication.

Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
3.4k
Fork
1.7k
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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Come iniziare

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