Filtering VCF by ranges

Đang mở

#5 mở ngày 14/2/2018 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó: 5/5
Thời gian dự kiến: Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới: 25/100

Loại issue: Tính năng
Độ rõ ràng: Cần làm rõ
Mức độ hoạt động: Đình trệ
Công nghệ: r
Lĩnh vực: bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách đọc filterVcf() và phương pháp reduction của GenomicFiles được mô tả trong issue. Làm rõ cách range-based iteration nên tương tác với incremental filtering và quá trình xử lý functional, side-effect-free. Việc hoàn tất cần bao gồm hành vi đã được thống nhất cho range-filtering, thay vì chỉ lọc theo yield count.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Would be useful to filter a VCF incrementally by range. Range-based iteration makes sense when e.g. removing duplicates. Right now filterVcf() only works by yield count. The GenomicFiles package makes reduction easier but not necessarily filtering at the file level. At least, side effects are undesirable in that functional framework.

Ngôn ngữ chính: R
Star: 32
Fork: 21
Chỉ số merge pull request: Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation

refactor the package Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận · Mở ngày 7/7/2026
what is the "covr" condition of this package? Đang mở

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao · Mở ngày 7/7/2026
produce false positive and false negative PRs Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận · Mở ngày 7/7/2026
possible problem parsing INFO description field Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · Mở ngày 22/5/2025
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận · Mở ngày 7/3/2025

Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation

Issue tương tự

CVar() passes actual and fitted values to accuracy() in the wrong order Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

robjhyndman/forecast#1220 · Mở ngày 23/9/2026
Raise the minimum coro version once per-instance JIT recompilation is released Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100

JamesHWade/deputy#192 · Mở ngày 23/9/2026
`crps.numeric` does not pass `permutations` correctly to `crps.matrix` Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

stan-dev/loo#397 · 1 reaction · Mở ngày 23/9/2026
[Bug]: Right-eyed flounder images display backwards Đang mở

bug triage_needed

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

nmfs-ost/asar#574 · Mở ngày 22/9/2026
Add `<thead>` and `<tbody>` tags into output of `as_html` Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

pharmaverse/rtables#1123 · 1 bình luận · 1 reaction · Mở ngày 22/9/2026

Thêm issue về R