`petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab
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評估
研究方向
從 petab.v1.math 模組開始，其中 petab_math_str 會將 sympy 運算式轉換回 PEtab 字串，並重現 issue 中的三次呼叫，以觀察 nan 和 zoo*x 的輸出。查看 sympify_petab 如何已經拒絕保留名稱 nan，讓新的檢查遵循相同的模式。完成標準是：對於包含 nan 或 zoo 的運算式，petab_math_str 擲出 ValueError，並且有測試涵蓋這兩種情況。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
NaN is not representable in PEtab (v2 spec: NUMERIC excludes NaN; math expressions: "neither is NaN (not-a-number)" supported; nan is a reserved keyword, "undefined in PEtab"). The same holds for sympy's complex infinity zoo.
Nevertheless, petab_math_str prints them, producing files that cannot be read:
import sympy as sp
from petab.v1.math import petab_math_str, sympify_petab
petab_math_str(sp.nan) # 'nan'
petab_math_str(sympify_petab("x / 0")) # 'zoo*x'
sympify_petab("nan") # ValueError: Use of reserved name 'nan'
petab_math_str should raise a ValueError for expressions containing nan or zoo, instead of silently writing invalid PEtab.
🤖 Drafted with AI assistance.
- 主要語言
- Python
- 星號
- 18
- 分支
- 9
- 平均合併
- 1 天 8 小時
- 30 天內合併 PR
- 21
環境準備
- 沒有 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 沒有 Pull Request 範本
- 閱讀貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
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