Visium HD: empty `dataset_id` default produces an unnamed coordinate system that napari-spatialdata can't select
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 58/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu từ entry point visium_hd() và theo dõi cách dataset_id bị bỏ qua được sử dụng cho các tiền tố phần tử và việc đặt tên hệ tọa độ. Tái hiện trường hợp không có tiền tố với feature_slice.h5, sau đó xác minh rằng hệ tọa độ kết quả có một tên không rỗng có thể chọn được và napari-spatialdata có thể hiển thị hình ảnh ở độ phân giải đầy đủ trong các bước xử lý tiếp theo.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Hi, and thanks for maintaining spatialdata-io!
When the Visium HD files have no filename prefix (e.g. feature_slice.h5) and dataset_id is not provided, visium_hd() falls back to dataset_id="".
Since dataset_id is used both as element prefix and as coordinate-system name, this yields an empty coordinate system that is problematic downstream: for instance, napari-spatialdata silently ignores it and shows it as a blank row, so the full-resolution image can't be displayed at all. This was reported as a Sopa bug in prism-oncology/sopa#446 before we traced it here.
That could be avoided by either defaulting to a non-empty identifier, or keeping "" but naming the coordinate system "global" when dataset_id is empty.
Thanks!
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 103
- Fork
- 65
- Merge trung bình
- 1 giờ 8 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 3
Chuẩn bị môi trường
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
-
xenium
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#407 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
-
bug
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
qgis/QGIS-Plugins-Website#459 ·
-
bug severity:medium
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
bot-found bug priority: P3
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
madenvel/KalinkaPlayer#179 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
ls1intum/edutelligence#1098 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày