Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formats

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#409 0 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong spatialdata_io.readers.mcmicro và so sánh các giả định của nó với hai bố cục đầu ra được liệt kê trong issue. Theo dõi cách registration, segmentation, quantification, markers và TMA cores được phát hiện, sau đó xác định các trường hợp xác thực cho nhiều sample và segmenter, tính năng tự động phát hiện pipeline và override tường minh. Hoàn tất có nghĩa là đầu ra của cả labsyspharm và nf-core vẫn có thể đọc được, bao gồm các trường hợp WSI và TMA.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

We recently completed a port of MCMICRO to nf-core (https://nf-co.re/mcmicro/2.0.0). There are minor changes to expected output formats, and the current spatialdata_io.readers.mcmicro reader — written against the original labsyspharm/mcmicro layout — does not read nf-core output.

What changed between the two pipelines:

Aspect labsyspharm/mcmicro nf-core/mcmicro
Run config qc/params.yml (workflow.tma) pipeline_info/params*.json (tma_dearray, segmentation)
Registration registration/<sample>.ome.tif registration/ashlar/<sample>.ome.tif
Segmentation segmentation/<module>-<sample>/{cell,nuclei}.ome.tif segmentation/<segmenter>/<sample>_<tool-suffix>.tif
Quantification quantification/<module>-<sample>_<comp>.csv quantification/mcquant/<segmenter>/<sample>.csv
TMA cores dearray/ + qc/coreograph/centroidsY-X.txt tma_dearray/ (plus TMA_MAP.tif) + tma_dearray/centroidsY-X.txt
Markers markers.csv at root input sheet (often not copied to outdir); backsub/<sample>_backsub.csv when backsub runs
Samples / segmenters single sample, typically one segmenter multiple samples and multiple segmenters per run

Gotchas found while testing against real nf-core/mcmicro output that will need to be considered:

  • Segmentation mask filenames are tool-specific, not a uniform _mask suffix — e.g. 1_cp_masks.tif (cellpose) vs exemplar-002_1_mask.tif (mesmer).
  • The segmenter directory name differs between segmentation/ and quantification/mcquant/ (e.g. deepcell_mesmer vs mesmer), so tables can't be linked to labels by an exact directory-name match.
  • With background subtraction, the registration image and the quantification tables carry different marker sets (e.g. 40 image channels vs 37 table markers).
  • TMA core numbers must be parsed carefully — the sample name itself can contain digits (exemplar-002_1_mask → core 1, not 002) — and tma_dearray/ also contains TMA_MAP.tif, which is not a core.
  • The prelude/markers_markersheet_mqc.tsv file is a long-format MultiQC validation report, not a usable wide marker sheet.

Proposal

Update the mcmicro reader to auto-detect the pipeline (with an explicit pipeline= override) and handle both layouts, including multiple samples and segmenters, in WSI and TMA modes. Backwards compatibility with labsyspharm output is preserved.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
103
Fork
65
Merge trung bình
1 giờ 8 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của scverse/spatialdata-io

Tất cả issue của scverse/spatialdata-io

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.