legacy manual annotation format rare error missing last codon in pseudogene after genbank! parse
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- Nửa ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 40/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Ít trao đổi
- Công nghệ
- rust
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Start at parse_gbk and the genbank! macro, then find where the /pseudo qualifier is handled and how the feature's end position is computed. You will need a GenBank record for a pseudogene whose stop codon is not marked; the Rhizobium leguminosarum 3841 file named in the issue is one source. Done means that record parses to the full coding length, with a test covering it.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Describe the bug
In legacy manually annotated files with /pseudo qualifier, the stop codon may not be marked and that causes microBioRust to miss the last codon
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
parse_gbk of Rhizobium leguminosarum gbk 3841, 23 coding sequences of pseudogenes are missing the last codon after parsing with the genbank! macro.
Expected behavior
each of those predicted proteins are short by one codon
Additional context
Look into the genbank parsing handling of pseudo markup to extend by one codon
- Ngôn ngữ chính
- Rust
- Star
- 38
- Fork
- 15
- Merge trung bình
- 21 giờ 33 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của LCrossman/microBioRust
-
good first issue
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
LCrossman/microBioRust#57 ·
-
pyclass warning on update pyo3Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
LCrossman/microBioRust#53 · 1 reaction ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
LCrossman/microBioRust#51 ·
-
enhancement help wanted
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
LCrossman/microBioRust#19 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 8/100
LCrossman/microBioRust#18 · 1 reaction ·
Tất cả issue của LCrossman/microBioRust
Issue tương tự
-
area: config effort: S good first issue P3 type: bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100
ferenyl/azuredevopstui#63 ·
-
needs-triage O-Arm T-libs
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug CLI config mcp
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
documentation good first issue
Độ khó 1/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
yunaremaia/sandbox-ffi-layers#56 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 66/100
git-ai-project/git-ai#2434 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày