Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Parsing phylogenetic trees (newick format)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#51 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
45/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Ít trao đổi
Công nghệ
rust
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

The issue asks for a new phylo.rs module that parses Newick strings into a struct and prints them back; the payload names no existing file to edit. Start by reading the Newick examples in the issue body and decide on the node representation. Done means the listed examples, from the unnamed tree through the rooted-on-a-leaf tree, parse and print back equivalently, with tests for each.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Is your feature request related to a problem? Please describe.

Would like to add parsing of newick format just to print the newick in the first place. Newick is described here:https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format. It is possible to get multiple newick trees inside a single file, they each finish with a semicolon. Some trees can have many nodes, the structure is a graph-type with nodes, edges and leaves. There is an XML format that some python programs parse newick into, phyloXML

Describe the solution you'd like

Looking to start a module phylo.rs with a parse of newick into some type of good struct or hashmap in the first place, with just ability to print it out.

Describe alternatives you've considered

There are some newick tree parsers in crates.io but they all seem to be a few years old, for example newick_0.11.0

Additional context

Various types of newick tree to parse: The one below marked as "popular" is the one I've seen much the most often, so we could concentrate on that structure and allow the others if possible. There are multiple nodes.
(,,(,)); no nodes are named
(A,B,(C,D)); leaf nodes are named
(A,B,(C,D)E)F; all nodes are named
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5); all but root node have a distance to parent
(:0.1,:0.2,(:0.3,:0.4):0.5):0.0; all have a distance to parent
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4):0.5); distances and leaf names (popular)
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F; distances and all names
((B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F:0.1)A; a tree rooted on a leaf node (rare)

Ngôn ngữ chính
Rust
Star
38
Fork
15
Merge trung bình
21 giờ 33 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
2

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của LCrossman/microBioRust

Tất cả issue của LCrossman/microBioRust

Issue tương tự

Thêm issue về Rust

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.