Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Roadmap: Planned Features & Milestones

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#18 0 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
8/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
github-actions, javascript, rust, wasm
Lĩnh vực
bioinformatics, data-visualization

Hướng nghiên cứu

This is a roadmap checklist, not a task, and it names no files or entry points. Before starting, ask the maintainer which single unchecked item they want and open a separate issue for it. Only then read the parser code that item touches and the existing tests for it. Done means that item is implemented, tested, and checked off here.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Core Infrastructure
using Async where possible, parsing bioinformatic file types

  • Genbank parser
  • Embl parser
  • Conversions of formats into gbk/embl/fasta/ffn/faa and save as gff/gbk or embl
  • CI/CD with github actions and write tests - ongoing
  • Documentation with examples - ongoing

Format expansion
Integration of common types and parsers such as:

  • VCF
  • BLAST output in various modes, -5 (XML) and -6 (one line per hit), compat with Diamond, MMSeqs2
  • GTF
  • link ups with formats from rust-bio, noodles-vcf
  • look into metabolomics options (like KEGG) some are not open-source
  • fastq gzipped version parsing
  • SAM format parser
  • RPKM output parser
  • Support for other compressed files such as BAM and CRAM
  • Writer support for those types

Advanced features
Protein parameters such as:

  • Hydrophobicity
  • Molecular weight
  • Counted amino acids & as percentage
  • Aromaticity
  • Parsing phylogenetic trees
  • Parsing multiple sequence alignments
  • Methylation data parsing
  • Consider pyo3 integration

Testing - bioinformatics

  • Testing & updating parsers with various edge case files such as gbk with the CONTIG(JOIN) structure

Data Viz

  • Example heatmap with WASM and Js example
  • Simple graph types bar, line, scatter
Ngôn ngữ chính
Rust
Star
38
Fork
15
Merge trung bình
21 giờ 33 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
2

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của LCrossman/microBioRust

Tất cả issue của LCrossman/microBioRust

Issue tương tự

Thêm issue về Rust

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.