legacy manual annotation format rare error missing last codon in pseudogene after genbank! parse
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- Mezza giornata
- Idoneità per principianti
- 40/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start at parse_gbk and the genbank! macro, then find where the /pseudo qualifier is handled and how the feature's end position is computed. You will need a GenBank record for a pseudogene whose stop codon is not marked; the Rhizobium leguminosarum 3841 file named in the issue is one source. Done means that record parses to the full coding length, with a test covering it.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Describe the bug
In legacy manually annotated files with /pseudo qualifier, the stop codon may not be marked and that causes microBioRust to miss the last codon
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
parse_gbk of Rhizobium leguminosarum gbk 3841, 23 coding sequences of pseudogenes are missing the last codon after parsing with the genbank! macro.
Expected behavior
each of those predicted proteins are short by one codon
Additional context
Look into the genbank parsing handling of pseudo markup to extend by one codon
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 38
- Fork
- 15
- Merge medio
- 21h 33m
- PR unite (30g)
- 2
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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