legacy manual annotation format rare error missing last codon in pseudogene after genbank! parse
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- Medio día
- Aptitud para principiantes
- 40/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start at parse_gbk and the genbank! macro, then find where the /pseudo qualifier is handled and how the feature's end position is computed. You will need a GenBank record for a pseudogene whose stop codon is not marked; the Rhizobium leguminosarum 3841 file named in the issue is one source. Done means that record parses to the full coding length, with a test covering it.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Describe the bug
In legacy manually annotated files with /pseudo qualifier, the stop codon may not be marked and that causes microBioRust to miss the last codon
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
parse_gbk of Rhizobium leguminosarum gbk 3841, 23 coding sequences of pseudogenes are missing the last codon after parsing with the genbank! macro.
Expected behavior
each of those predicted proteins are short by one codon
Additional context
Look into the genbank parsing handling of pseudo markup to extend by one codon
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 38
- Forks
- 15
- Merge medio
- 21 h 33 min
- PR fusionados (30 d)
- 2
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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