legacy manual annotation format rare error missing last codon in pseudogene after genbank! parse
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Évaluation
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- Une demi-journée
- Accessibilité débutants
- 40/100
- Type d'issue
- Bug
- Clarté
- Plutôt claire
- Activité
- Calme
- Stack technique
- rust
- Domaine
- bioinformatics
Piste de recherche
Start at parse_gbk and the genbank! macro, then find where the /pseudo qualifier is handled and how the feature's end position is computed. You will need a GenBank record for a pseudogene whose stop codon is not marked; the Rhizobium leguminosarum 3841 file named in the issue is one source. Done means that record parses to the full coding length, with a test covering it.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Describe the bug
In legacy manually annotated files with /pseudo qualifier, the stop codon may not be marked and that causes microBioRust to miss the last codon
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
parse_gbk of Rhizobium leguminosarum gbk 3841, 23 coding sequences of pseudogenes are missing the last codon after parsing with the genbank! macro.
Expected behavior
each of those predicted proteins are short by one codon
Additional context
Look into the genbank parsing handling of pseudo markup to extend by one codon
- Langage dominant
- Rust
- Étoiles
- 38
- Forks
- 15
- Merge moyen
- 21 h 33 min
- PR mergées (30 j)
- 2
Préparer son environnement
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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