legacy manual annotation format rare error missing last codon in pseudogene after genbank! parse
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 半天
- 新手友好度
- 40/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 冷清
- 技术栈
- rust
调研方向
Start at parse_gbk and the genbank! macro, then find where the /pseudo qualifier is handled and how the feature's end position is computed. You will need a GenBank record for a pseudogene whose stop codon is not marked; the Rhizobium leguminosarum 3841 file named in the issue is one source. Done means that record parses to the full coding length, with a test covering it.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Describe the bug
In legacy manually annotated files with /pseudo qualifier, the stop codon may not be marked and that causes microBioRust to miss the last codon
To Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
parse_gbk of Rhizobium leguminosarum gbk 3841, 23 coding sequences of pseudogenes are missing the last codon after parsing with the genbank! macro.
Expected behavior
each of those predicted proteins are short by one codon
Additional context
Look into the genbank parsing handling of pseudo markup to extend by one codon
- 主要语言
- Rust
- 星标
- 38
- 派生
- 15
- 平均合并
- 21 小时 33 分钟
- 30 天内合并 PR
- 2
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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