Hacktoberfest 2026: as issues que os mantenedores marcaram para outubro, abertas e boas para iniciantes. Ver issues do Hacktoberfest

Roadmap: Planned Features & Milestones

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Avaliação

Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
8/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
github-actions, javascript, rust, wasm
Domínio
bioinformatics, data-visualization

Direção de pesquisa

This is a roadmap checklist, not a task, and it names no files or entry points. Before starting, ask the maintainer which single unchecked item they want and open a separate issue for it. Only then read the parser code that item touches and the existing tests for it. Done means that item is implemented, tested, and checked off here.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

Core Infrastructure
using Async where possible, parsing bioinformatic file types

  • Genbank parser
  • Embl parser
  • Conversions of formats into gbk/embl/fasta/ffn/faa and save as gff/gbk or embl
  • CI/CD with github actions and write tests - ongoing
  • Documentation with examples - ongoing

Format expansion
Integration of common types and parsers such as:

  • VCF
  • BLAST output in various modes, -5 (XML) and -6 (one line per hit), compat with Diamond, MMSeqs2
  • GTF
  • link ups with formats from rust-bio, noodles-vcf
  • look into metabolomics options (like KEGG) some are not open-source
  • fastq gzipped version parsing
  • SAM format parser
  • RPKM output parser
  • Support for other compressed files such as BAM and CRAM
  • Writer support for those types

Advanced features
Protein parameters such as:

  • Hydrophobicity
  • Molecular weight
  • Counted amino acids & as percentage
  • Aromaticity
  • Parsing phylogenetic trees
  • Parsing multiple sequence alignments
  • Methylation data parsing
  • Consider pyo3 integration

Testing - bioinformatics

  • Testing & updating parsers with various edge case files such as gbk with the CONTIG(JOIN) structure

Data Viz

  • Example heatmap with WASM and Js example
  • Simple graph types bar, line, scatter
Linguagem predominante
Rust
Estrelas
38
Forks
15
Merge médio
21h 33min
PRs com merge (30d)
2

Preparar o ambiente

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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