Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

MINFF Prepare: gaps found rebuilding a real clay/ion/water system

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#363 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
55/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c
Lĩnh vực
desktop, tooling

Hướng nghiên cứu

Start with ECCE's Prepare editor and Run settings, then trace the genion options, MINFF ion-parameter selection, restraint generation, angle parameter handling, and vacuum-gap logic. The launch dialog's warning classification and harmless-warning display are a separate UI path. Reproduction uses a three-layer TMINFF Cu2+/water system; validate each gap against the rebuilt topology and step-0 energies.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Rebuilding an existing MINFF system (three TMINFF layers, Cu2+ interlayer ions, water) through ECCE's Prepare editor and Run settings reproduced its topology atom for atom and its step-0 energies (9.3 work, wip/930-small). Remaining gaps:

  1. Thin interlayer water: genion fails with "No more replaceable solvent" for a 1.22 nm interlayer slab. Its default -rmin 0.6 leaves almost no replaceable water, and the Prepare editor does not expose it. Offer -rmin (or lower it automatically for thin slabs, with a warning).
  2. Ion parameter sets: ECCE writes OPC3_HFE_LM; the other common choice, OPC3_IOD_LM, cannot be selected.
  3. Position restraints without hydrogens: some MINFF workflows use -DPOSRES_noH; ECCE's min.itp has no such block.
  4. Angle equilibrium values: atomipy's equilibrium angles differ from an independently built topology by up to 0.53°, giving angle energy 1191 vs 1248 kJ/mol at step 0. Check which parameter version is right.
  5. Bare mineral cell: a cell needs about 0.3 nm of vacuum, or atomipy bonds the layer to its own periodic image. Warn, or add the gap automatically.
  6. Launch dialog: the launch check now classifies grompp warnings as harmless or stopping, but when it passes, the list of harmless warnings is not shown in the GUI; show it as information.
Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Merge trung bình
21 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.