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MINFF Prepare: gaps found rebuilding a real clay/ion/water system

Offen
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Bewertung

Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit
55/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Aktiv
Tech-Stack
c
Bereich
desktop, tooling

Rechercherichtung

Start with ECCE's Prepare editor and Run settings, then trace the genion options, MINFF ion-parameter selection, restraint generation, angle parameter handling, and vacuum-gap logic. The launch dialog's warning classification and harmless-warning display are a separate UI path. Reproduction uses a three-layer TMINFF Cu2+/water system; validate each gap against the rebuilt topology and step-0 energies.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Rebuilding an existing MINFF system (three TMINFF layers, Cu2+ interlayer ions, water) through ECCE's Prepare editor and Run settings reproduced its topology atom for atom and its step-0 energies (9.3 work, wip/930-small). Remaining gaps:

  1. Thin interlayer water: genion fails with "No more replaceable solvent" for a 1.22 nm interlayer slab. Its default -rmin 0.6 leaves almost no replaceable water, and the Prepare editor does not expose it. Offer -rmin (or lower it automatically for thin slabs, with a warning).
  2. Ion parameter sets: ECCE writes OPC3_HFE_LM; the other common choice, OPC3_IOD_LM, cannot be selected.
  3. Position restraints without hydrogens: some MINFF workflows use -DPOSRES_noH; ECCE's min.itp has no such block.
  4. Angle equilibrium values: atomipy's equilibrium angles differ from an independently built topology by up to 0.53°, giving angle energy 1191 vs 1248 kJ/mol at step 0. Check which parameter version is right.
  5. Bare mineral cell: a cell needs about 0.3 nm of vacuum, or atomipy bonds the layer to its own periodic image. Warn, or add the gap automatically.
  6. Launch dialog: the launch check now classifies grompp warnings as harmless or stopping, but when it passes, the list of harmless warnings is not shown in the GUI; show it as information.
Vorherrschende Sprache
C
Sterne
10
Forks
8
Ø Merge
21 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
1

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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