MINFF Prepare: gaps found rebuilding a real clay/ion/water system
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評估
研究方向
Start with ECCE's Prepare editor and Run settings, then trace the genion options, MINFF ion-parameter selection, restraint generation, angle parameter handling, and vacuum-gap logic. The launch dialog's warning classification and harmless-warning display are a separate UI path. Reproduction uses a three-layer TMINFF Cu2+/water system; validate each gap against the rebuilt topology and step-0 energies.
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Rebuilding an existing MINFF system (three TMINFF layers, Cu2+ interlayer ions, water) through ECCE's Prepare editor and Run settings reproduced its topology atom for atom and its step-0 energies (9.3 work, wip/930-small). Remaining gaps:
- Thin interlayer water: genion fails with "No more replaceable solvent" for a 1.22 nm interlayer slab. Its default
-rmin 0.6leaves almost no replaceable water, and the Prepare editor does not expose it. Offer-rmin(or lower it automatically for thin slabs, with a warning). - Ion parameter sets: ECCE writes
OPC3_HFE_LM; the other common choice,OPC3_IOD_LM, cannot be selected. - Position restraints without hydrogens: some MINFF workflows use
-DPOSRES_noH; ECCE'smin.itphas no such block. - Angle equilibrium values: atomipy's equilibrium angles differ from an independently built topology by up to 0.53°, giving angle energy 1191 vs 1248 kJ/mol at step 0. Check which parameter version is right.
- Bare mineral cell: a cell needs about 0.3 nm of vacuum, or atomipy bonds the layer to its own periodic image. Warn, or add the gap automatically.
- Launch dialog: the launch check now classifies grompp warnings as harmless or stopping, but when it passes, the list of harmless warnings is not shown in the GUI; show it as information.
- 主要語言
- C
- 星號
- 10
- 分支
- 8
- 平均合併
- 21 分鐘
- 30 天內合併 PR
- 1
環境準備
這個專案沒有提供開發容器、Dockerfile 或貢獻指南，環境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步驟見我們的新手貢獻指南。
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
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- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
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