MINFF Prepare: gaps found rebuilding a real clay/ion/water system
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 55/100
Línea de trabajo
Start with ECCE's Prepare editor and Run settings, then trace the genion options, MINFF ion-parameter selection, restraint generation, angle parameter handling, and vacuum-gap logic. The launch dialog's warning classification and harmless-warning display are a separate UI path. Reproduction uses a three-layer TMINFF Cu2+/water system; validate each gap against the rebuilt topology and step-0 energies.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Rebuilding an existing MINFF system (three TMINFF layers, Cu2+ interlayer ions, water) through ECCE's Prepare editor and Run settings reproduced its topology atom for atom and its step-0 energies (9.3 work, wip/930-small). Remaining gaps:
- Thin interlayer water: genion fails with "No more replaceable solvent" for a 1.22 nm interlayer slab. Its default
-rmin 0.6leaves almost no replaceable water, and the Prepare editor does not expose it. Offer-rmin(or lower it automatically for thin slabs, with a warning). - Ion parameter sets: ECCE writes
OPC3_HFE_LM; the other common choice,OPC3_IOD_LM, cannot be selected. - Position restraints without hydrogens: some MINFF workflows use
-DPOSRES_noH; ECCE'smin.itphas no such block. - Angle equilibrium values: atomipy's equilibrium angles differ from an independently built topology by up to 0.53°, giving angle energy 1191 vs 1248 kJ/mol at step 0. Check which parameter version is right.
- Bare mineral cell: a cell needs about 0.3 nm of vacuum, or atomipy bonds the layer to its own periodic image. Warn, or add the gap automatically.
- Launch dialog: the launch check now classifies grompp warnings as harmless or stopping, but when it passes, the list of harmless warnings is not shown in the GUI; show it as information.
- Lenguaje dominante
- C
- Estrellas
- 10
- Forks
- 8
- Merge medio
- 21 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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