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MINFF Prepare: gaps found rebuilding a real clay/ion/water system

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
55/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
c
Ambito
desktop, tooling

Direzione di ricerca

Start with ECCE's Prepare editor and Run settings, then trace the genion options, MINFF ion-parameter selection, restraint generation, angle parameter handling, and vacuum-gap logic. The launch dialog's warning classification and harmless-warning display are a separate UI path. Reproduction uses a three-layer TMINFF Cu2+/water system; validate each gap against the rebuilt topology and step-0 energies.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Rebuilding an existing MINFF system (three TMINFF layers, Cu2+ interlayer ions, water) through ECCE's Prepare editor and Run settings reproduced its topology atom for atom and its step-0 energies (9.3 work, wip/930-small). Remaining gaps:

  1. Thin interlayer water: genion fails with "No more replaceable solvent" for a 1.22 nm interlayer slab. Its default -rmin 0.6 leaves almost no replaceable water, and the Prepare editor does not expose it. Offer -rmin (or lower it automatically for thin slabs, with a warning).
  2. Ion parameter sets: ECCE writes OPC3_HFE_LM; the other common choice, OPC3_IOD_LM, cannot be selected.
  3. Position restraints without hydrogens: some MINFF workflows use -DPOSRES_noH; ECCE's min.itp has no such block.
  4. Angle equilibrium values: atomipy's equilibrium angles differ from an independently built topology by up to 0.53°, giving angle energy 1191 vs 1248 kJ/mol at step 0. Check which parameter version is right.
  5. Bare mineral cell: a cell needs about 0.3 nm of vacuum, or atomipy bonds the layer to its own periodic image. Warn, or add the gap automatically.
  6. Launch dialog: the launch check now classifies grompp warnings as harmless or stopping, but when it passes, the list of harmless warnings is not shown in the GUI; show it as information.
Lingua principale
C
Stelle
10
Fork
8
Merge medio
21m
PR unite (30g)
1

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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