Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Builder: open and save CIF files (unit cell from symmetry operations)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#358 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
28/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with the Builder’s existing periodic-cell import paths and the space-group tables it already uses; the payload names PDB (CRYST1), .gro, and .car as examples. The design brief is ready, but this work is scheduled after the GROMACS run settings and end-to-end clay system. Done means CIF import and P1 export round-trip, with the listed structures verified against Open Babel and Z × formula.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The Builder cannot open CIF files, which is how crystal structures come from the databases (COD, AMCSD, Materials Project, the IZA zeolite database). PDB (CRYST1), .gro and .car already bring their cell.

Scope:

  • Import: cell, _atom_site_ loop, symmetry operations as listed (or, when only a space-group name is given, the space-group tables the Periodic Builder already uses), duplicates at special positions removed by periodic distance, result in the cell at 1×1×1.
  • Partial occupancy: the majority species on each site, with a warning listing the sites. A warning when hydrogens are absent (common in mineral CIFs).
  • Export: P1 CIF of the current periodic structure; export → import round trip.
  • Verification against Open Babel (--fillUC strict) and against Z × formula, for pyrophyllite (Lee & Guggenheim 1981), quartz, graphite, NaCl, LiCoO₂, a zeolite, and a CIF with a space-group name only.

A design brief is ready; to be done after the GROMACS run settings and the end-to-end clay system.

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Merge trung bình
21 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.