Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf

Đang mở
#61 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách chạy ví dụ R được cung cấp và kiểm tra đối tượng VRanges được tạo trước và sau VariantAnnotation::writeVcf. Theo dõi điểm vào của writeVcf để xem INFO và các cột bổ sung được xử lý như thế nào. Công việc được xem là hoàn tất khi đã giải thích hoặc khắc phục được lý do các mục RSID được yêu cầu không xuất hiện trong VCF được tạo.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi ,

I'm the creator of the MungeSumstats Bioconductor package in which we use VariantAnnotation::writeVcf as an output options for the formatted sumstats. I want to align the formatting of our sumstats to IEU OpenGWAS VCF, part of which means adding the RSIDs to the INFO column in the VCF. However, I can't seem to populate INFO with VariantAnnotation::writeVcf. Is there any way to do this?

An example:

#get example data 
sumstats_dt <- MungeSumstats::formatted_example()
#convert to VRanges
gr <- to_granges(sumstats_dt)
message("Converting summary statistics to VRanges.")
gr$dummy <- "GWAS"
vr <- VariantAnnotation::makeVRangesFromGRanges(gr,
    ref.field = "A1", 
    alt.field = "A2",
    keep.extra.columns = TRUE,
    sampleNames.field = "dummy"
)
#make SNP field into INFO
vr$INFO <- paste0("RSID=",vr$SNP)
vr$SNP <- NULL
#Output as VCF
VariantAnnotation::writeVcf(
            obj = vr,
            ### Must supply filename without compression suffix
            filename ="~/Downloads/test_vcf.vcf",
            index = FALSE
        )
#inspect
print(readLines("~/Downloads/test_vcf.vcf",100))
#INFO not populated
Ngôn ngữ chính
R
Star
32
Fork
21
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation

Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.