Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf

オープン

#61 2022年5月31日に作成コメント 4 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

評価

難易度: 3/5
見積もり時間: 1〜2日
初心者へのやさしさ: 35/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: bioinformatics

調査の方向性

まず、提供された R の例を実行し、VariantAnnotation::writeVcf の前後で構築された VRanges オブジェクトを調べます。writeVcf のエントリポイントをたどり、INFO と追加の列がどのように処理されるかを確認します。生成された VCF に要求された RSID エントリが存在しない理由を説明または修正できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Hi ,

I'm the creator of the MungeSumstats Bioconductor package in which we use VariantAnnotation::writeVcf as an output options for the formatted sumstats. I want to align the formatting of our sumstats to IEU OpenGWAS VCF, part of which means adding the RSIDs to the INFO column in the VCF. However, I can't seem to populate INFO with VariantAnnotation::writeVcf. Is there any way to do this?

An example:

#get example data 
sumstats_dt <- MungeSumstats::formatted_example()
#convert to VRanges
gr <- to_granges(sumstats_dt)
message("Converting summary statistics to VRanges.")
gr$dummy <- "GWAS"
vr <- VariantAnnotation::makeVRangesFromGRanges(gr,
    ref.field = "A1", 
    alt.field = "A2",
    keep.extra.columns = TRUE,
    sampleNames.field = "dummy"
)
#make SNP field into INFO
vr$INFO <- paste0("RSID=",vr$SNP)
vr$SNP <- NULL
#Output as VCF
VariantAnnotation::writeVcf(
            obj = vr,
            ### Must supply filename without compression suffix
            filename ="~/Downloads/test_vcf.vcf",
            index = FALSE
        )
#inspect
print(readLines("~/Downloads/test_vcf.vcf",100))
#INFO not populated

主要言語: R
スター: 32
フォーク: 21
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

Bioconductor/VariantAnnotation のほかの issue

refactor the package オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · コメント 4 件 · 2026年7月7日に作成
what is the "covr" condition of this package? オープン

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年7月7日に作成
produce false positive and false negative PRs オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · コメント 2 件 · 2026年7月7日に作成
possible problem parsing INFO description field オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · 2025年5月22日に作成
ensemblVEP::parseCSQToGRanges オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · コメント 2 件 · 2025年3月7日に作成

Bioconductor/VariantAnnotation の issue をすべて見る

似ている issue

Unable to use 'start_time' 'end_time' params for get_airnow_monitors() オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

briandconnelly/airnow#9 · 2026年9月23日に作成
Copy cohorts to keep old cohorts オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

OHDSI/CohortConstructor#774 · 2026年9月23日に作成
[PRE REVIEW]: fastml: An R package for leakage-aware machine learning workflows with fold-local preprocessing オープン

pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 60/100

openjournals/joss-reviews#11330 · コメント 7 件 · 2026年9月23日に作成
Release autosync 0.1.1 オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

posit-dev/autosync#26 · 2026年9月23日に作成
bug: when organisation.yml has no git key, check_lintr() errors オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

inbo/checklist#212 · 2026年9月23日に作成

R の issue をもっと見る