Habitat and disease association are free text; map to ontologies or drop the claim
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 22/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 活発
- 領域
- data, documentation
調査の方向性
Start with the ontology claim in the Methods and with spreadsheet_links.tsv and attributes.tsv, which show the only ontology ids the project currently uses. The habitat and disease association values live in the two linked Google Sheets, and #191 covers the same habitat question. Done means the maintainers have chosen between mapping to ENVO, UBERON and DOID/MONDO and dropping the Methods claim, and the chosen path is reflected in the sheets and files. Settle that decision with the maintainers before editing any values.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The Methods say 37 ontologies are used, but habitat has 72 free-text values (free-living, colonization of host, multiple, specialized, secondary, environmental system, ...) and disease association has 87, with no ontology ids. spreadsheet_links.tsv lists an ontology for two physiologies only (aerophilicity MICRO_0000491, spore shape OMP_0008000).
Sheets: habitat https://docs.google.com/spreadsheets/d/16WVR910o0p_CyiqYxSa1hkDTdtsAM4Oy8TlbZNIr7ys, disease association https://docs.google.com/spreadsheets/d/1MAtkI-UEc7T33BYvLBAkw4PDmEmNBroMVUi4KwN8cCc.
Proposal: map habitat values to ENVO (environments) and UBERON (host body sites), and disease association to DOID or MONDO, adding an ontology_id column to each sheet and to attributes.tsv. Values like "multiple", "specialized" and "secondary" don't map to anything and should be dropped or re-curated. #191 raised the same question for habitat and isolation site. If mapping isn't going to happen, the ontology claim in the Methods should go.
Drafted with Claude Code.
- 主要言語
- R
- スター
- 6
- フォーク
- 6
- 平均マージ
- 1時間 48分
- マージ済み PR（30日）
- 13
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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