Habitat and disease association are free text; map to ontologies or drop the claim
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 22/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Ambito
- data, documentation
Direzione di ricerca
Start with the ontology claim in the Methods and with spreadsheet_links.tsv and attributes.tsv, which show the only ontology ids the project currently uses. The habitat and disease association values live in the two linked Google Sheets, and #191 covers the same habitat question. Done means the maintainers have chosen between mapping to ENVO, UBERON and DOID/MONDO and dropping the Methods claim, and the chosen path is reflected in the sheets and files. Settle that decision with the maintainers before editing any values.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
The Methods say 37 ontologies are used, but habitat has 72 free-text values (free-living, colonization of host, multiple, specialized, secondary, environmental system, ...) and disease association has 87, with no ontology ids. spreadsheet_links.tsv lists an ontology for two physiologies only (aerophilicity MICRO_0000491, spore shape OMP_0008000).
Sheets: habitat https://docs.google.com/spreadsheets/d/16WVR910o0p_CyiqYxSa1hkDTdtsAM4Oy8TlbZNIr7ys, disease association https://docs.google.com/spreadsheets/d/1MAtkI-UEc7T33BYvLBAkw4PDmEmNBroMVUi4KwN8cCc.
Proposal: map habitat values to ENVO (environments) and UBERON (host body sites), and disease association to DOID or MONDO, adding an ontology_id column to each sheet and to attributes.tsv. Values like "multiple", "specialized" and "secondary" don't map to anything and should be dropped or re-curated. #191 raised the same question for habitat and isolation site. If mapping isn't going to happen, the ontology claim in the Methods should go.
Drafted with Claude Code.
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 6
- Fork
- 6
- Merge medio
- 1h 48m
- PR unite (30g)
- 13
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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