Bioconductor 3.24 release checklist (25 November 2026)

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評価

難易度
5/5
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1週間以上
初心者へのやさしさ
15/100
issue の種類
機能追加
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
活発
技術スタック
r
領域
release

調査の方向性

Start with the Bioconductor release schedule and the listed bugphyzz and bugphyzzExports issues, then follow the checklist in release order. Coordinate package checks, data export, NEWS and Zenodo updates, and the DOI change to the import default. Done means the 3.24 release has shipped and every applicable checklist item is complete.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Tracking issue for what ships in Bioconductor 3.24. Dates from the release schedule: release candidate 11 November, deadline for packages passing build and check 18 November, release branch 23 November, release 25 November.

Bioconductor's git devel is still at 1.7.1 (29 April); GitHub devel is 1.7.7, 21 commits ahead. The Zenodo deposit is the GitHub archive of the tag, and .downloadZ() reads every file matching "csv" from it, which now includes sources/bacdive/bacdive.csv.gz.

bugphyzz, before the 11 November release candidate
  • Push GitHub devel to git.bioconductor.org devel (1.7.8, 5 November); check the next devel build report
  • .downloadZ() reads only the three bugphyzz_*.csv files from the Zenodo zip
  • #256 bugphyzz: prefix in makeSignatures(), with a NEWS note that signature names change
  • #281 attributes.tsv clean-up (#284; the 56 ungrouped rows stay open)
  • #266, cheap half: \dontrun{} on the physiologies('all') example and skip_if_offline() on download tests; the fixture waits
  • Sheet fixes #260, #261, #262, #273: as overrides in bugphyzzExports (sources/microbe_directory/overrides.tsv, sources/sheet_overrides.tsv, ADR 0005), #273 in the sheet; Bergeys_2026 replaces the 2020 scrape (#274)
bugphyzzExports, data release
  • waldronlab/bugphyzzExports#83 AMR names validated before the rewrite (bugphyzzExports#84, bugphyzz#285)
  • waldronlab/bugphyzzExports#64 family-and-above rows: filtered out (bugphyzzExports#85; deep-node ASR wrong, waldronlab/taxPPro#16)
  • waldronlab/bugphyzzExports#66 point 1 deferred to after the release with points 2 and 3; interim rule in bugphyzzExports ADR 0002 (ties broken alphabetically by source)
  • Dispatch the export after the above; log_file.msg reports no dropped values
  • NEWS.md: date the 2026-11 section as v1.1.0 with the DOI; add #256 and #83
  • .zenodo.json creators (Wokaty, Andres)
  • Tag v1.1.0, GitHub release, Zenodo deposit; confirm the zip holds data, not LFS pointers, and importBugphyzz(version = "<DOI>") works
bugphyzz, after the DOI exists, before 18 November
  • New DOI as the importBugphyzz() default; roxygen, vignette and the pinned-DOI test updated
  • NEWS.md entry for the final 1.7.x and push to Bioconductor again
  • Tick the Zenodo line in waldronlab/bugphyzz-manuscript#10

Not in this release, already filed: waldronlab/bugphyzzExports#66 points 2 and 3, #266 fixture, waldronlab/taxPPro#15, #282, waldronlab/taxPProValidation#2. Close this issue when 3.24 ships.

Drafted with Claude Code.

主要言語
R
スター
6
フォーク
6
平均マージ
1時間 48分
マージ済み PR（30日）
13

環境構築

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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