Habitat and disease association are free text; map to ontologies or drop the claim
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 22/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Sôi nổi
- Lĩnh vực
- data, documentation
Hướng nghiên cứu
Start with the ontology claim in the Methods and with spreadsheet_links.tsv and attributes.tsv, which show the only ontology ids the project currently uses. The habitat and disease association values live in the two linked Google Sheets, and #191 covers the same habitat question. Done means the maintainers have chosen between mapping to ENVO, UBERON and DOID/MONDO and dropping the Methods claim, and the chosen path is reflected in the sheets and files. Settle that decision with the maintainers before editing any values.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
The Methods say 37 ontologies are used, but habitat has 72 free-text values (free-living, colonization of host, multiple, specialized, secondary, environmental system, ...) and disease association has 87, with no ontology ids. spreadsheet_links.tsv lists an ontology for two physiologies only (aerophilicity MICRO_0000491, spore shape OMP_0008000).
Sheets: habitat https://docs.google.com/spreadsheets/d/16WVR910o0p_CyiqYxSa1hkDTdtsAM4Oy8TlbZNIr7ys, disease association https://docs.google.com/spreadsheets/d/1MAtkI-UEc7T33BYvLBAkw4PDmEmNBroMVUi4KwN8cCc.
Proposal: map habitat values to ENVO (environments) and UBERON (host body sites), and disease association to DOID or MONDO, adding an ontology_id column to each sheet and to attributes.tsv. Values like "multiple", "specialized" and "secondary" don't map to anything and should be dropped or re-curated. #191 raised the same question for habitat and isolation site. If mapping isn't going to happen, the ontology claim in the Methods should go.
Drafted with Claude Code.
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 6
- Fork
- 6
- Merge trung bình
- 1 giờ 48 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 13
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của waldronlab/bugphyzz
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
waldronlab/bugphyzz#281 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100
waldronlab/bugphyzz#283 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
waldronlab/bugphyzz#282 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
enhancement testing
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
waldronlab/bugphyzz#270 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
curation
Độ khó 4/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 22/100
waldronlab/bugphyzz#268 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Tất cả issue của waldronlab/bugphyzz
Issue tương tự
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
PecanProject/pecan#4236 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
CREATE_ANNOTATED_TABLES reports r-ggplot2 version as null (packageVersion typo)Có thể đã có người làm Có pull request liên kết đang mở hoặc đã được merge. Đang mởbug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
nf-core/nanostring#195 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
partial() returns wrong values (silently) when train is a matrix and pred.var has two variablesĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 73/100
bgreenwell/pdp#140 · 1 bình luận · 1 reaction ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 87/100