オーナー

waldronlab

索引済みのリポジトリ 30 件 · GitHub で見る

curatedMetagenomicData
Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

R · スター 161 個
lefser
R implementation of the LEfSe method

R · スター 68 個
HGNChelper
Identify and correct invalid gene symbols

R · スター 63 個
curatedTCGAData
Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

R · スター 46 個
cBioPortalData
Integrate the cancer genomics portal, cBioPortal, using MultiAssayExperiment

R · スター 37 個
curatedMetagenomicDataCuration
Sample Metadata Curation for curatedMetagenomicData

R · スター 32 個
TCGAutils
Toolbox package for organizing and working with TCGA data

R · スター 31 個
SingleCellMultiModal
Single Cell multimodal data scripts for downloading datasets

R · スター 20 個
GSEABenchmarkeR
Reproducible GSEA Benchmarking

R · スター 14 個
curatedOvarianData
The curatedOvarianData package provides data for gene expression analysis in patients with ovarian cancer

R · スター 13 個
BugSigDB
A microbial signatures database

PHP · スター 9 個
CNVRanger
Functionality for CNV analysis

R · スター 8 個
bugsigdbr
R-side access to published microbial signatures from BugSigDB

R · スター 6 個
bugphyzz
Harmonized annotation of microbial physiology

R · スター 6 個
BugSigDBExports
BugSigDB data files

R · スター 5 個
OmicsMLRepoData
Translate Bioconductor resources into AI/ML-ready format + Manual curation/harmonization of the metadata for improved usability

R · スター 4 個
bugSigSimple
Simple exploratory analysis of curated microbe signatures

R · スター 4 個
agent-protocol-standard
Standard to define citable scientific protocols for use by AI agents

Python · スター 3 個
bedbaser
An R client for bedbase.org

R · スター 3 個
imageFeatureTCGA

R · スター 2 個
ほか 10 件のリポジトリは GitHub で見るにあります

初心者向けすべて

オープンすべて

Use omicidx to fill in missing BioProjects and run accessions オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 50/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#166 · 2026年9月18日に作成
biomarker_value pattern rejects negatives, scientific notation and <0.01 オープン

schema

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 88/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#165 · 2026年9月18日に作成
studies_status.csv splits on commas, so "Korea, Republic of" becomes two values オープン

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#164 · 担当者 1 名 · 2026年9月18日に作成
age_group: dictionary says NCIT:C17600, curators used NCIT:C49685 オープン

schema

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#163 · 2026年9月18日に作成
Ontology term IDs use NCIT_C… instead of NCIT:C…, in 24,385 cells オープン

schema

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 72/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#162 · 2026年9月18日に作成
CI validator silently skips 11 curated studies (glob is *_sample.tsv only) オープン

bug schema

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#160 · 2026年9月18日に作成
WenC_2017 with uncovered columns that are not uncurated_-prefixed and more オープン

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#159 · 担当者 1 名 · 2026年9月18日に作成
Duplicated experiments become orphaned and do not appear on the main study page オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

waldronlab/BugSigDB#348 · 担当者 1 名 · 2026年9月17日に作成
Study page 42278997 does not display study information or controls (Edit, History, Delete, and Add a new Experiment buttons) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/BugSigDB#347 · 担当者 1 名 · 2026年9月17日に作成
Content Discrepancies in v1.03: Duplicate titles and guidance mismatches (Items 1.2, 4.11, 4.12) オープン

waldronlab/stormsmicrobiome#7 · 担当者 1 名 · 2026年9月17日に作成
Move data products to Zenodo オープン

waldronlab/curatedCRCData#4 · 担当者 1 名 · 2026年9月17日に作成
Move data products to Zenodo オープン

waldronlab/curatedOvarianData#9 · 担当者 1 名 · 2026年9月17日に作成
Add a `validate-protocol` skill オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 74/100

waldronlab/agent-protocol-standard#37 · 2026年9月13日に作成
Add a `create-protocol` skill オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

waldronlab/agent-protocol-standard#35 · 2026年9月13日に作成
Add an `update-protocol` skill オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

waldronlab/agent-protocol-standard#36 · 2026年9月13日に作成
Create searchable protocols dashboard (GitHub Pages) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

waldronlab/agent-protocol-standard#33 · 2026年9月13日に作成
Composite protocol: cross-study meta-analysis of a host covariate in curatedMetagenomicData オープン

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

waldronlab/agent-protocols#34 · 2026年9月12日に作成
Protocol: ANOSIM on a community distance matrix オープン

atomic-protocol microbiome statistics

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 74/100

waldronlab/agent-protocols#33 · 2026年9月12日に作成
Protocol: PERMANOVA on a community distance matrix オープン

atomic-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#32 · 2026年9月12日に作成
Protocol: random forest classification of microbiome profiles オープン

atomic-protocol machine-learning microbiome

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#31 · 2026年9月12日に作成
Protocol: leave-one-dataset-out cross-study validation オープン

atomic-protocol machine-learning statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#30 · 2026年9月12日に作成
Protocol: derive a reference species set for a body site or sample group by prevalence オープン

atomic-protocol data-curation microbiome

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 65/100

waldronlab/agent-protocols#29 · 2026年9月12日に作成
Protocol: compute the oral-to-gut enrichment score for new samples オープン

atomic-protocol bioinformatics microbiome

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#28 · 2026年9月12日に作成
Protocol: two-stage hierarchical meta-analysis across diseases オープン

advanced blocked composite-protocol statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

waldronlab/agent-protocols#27 · 2026年9月12日に作成
Protocol: random-effects meta-analysis with the Paule-Mandel heterogeneity estimator オープン

advanced atomic-protocol statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#26 · 2026年9月12日に作成
Protocol: Fisher-Z transformed partial correlations for continuous exposures オープン

advanced atomic-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#25 · 2026年9月12日に作成
Protocol: per-dataset covariate-adjusted effect sizes (standardized mean difference) オープン

advanced atomic-protocol microbiome statistics

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

waldronlab/agent-protocols#24 · 2026年9月12日に作成
Protocol: centred log-ratio transformation of compositional abundances オープン

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 74/100

waldronlab/agent-protocols#23 · 2026年9月12日に作成
Protocol: prevalence filtering of microbiome features オープン

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

waldronlab/agent-protocols#22 · 2026年9月12日に作成
Protocol: corpus-level curation statistics for BugSigDB (paper Table 1) オープン

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 70/100

waldronlab/agent-protocols#21 · 2026年9月12日に作成
Protocol: microbe co-occurrence and mutual exclusivity across signatures オープン

advanced atomic-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

waldronlab/agent-protocols#20 · 2026年9月12日に作成
Composite protocol: benchmark microbe set enrichment methods against each other オープン

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

waldronlab/agent-protocols#19 · 2026年9月12日に作成
Protocol: CBEA: competitive balances for taxonomic enrichment analysis against BugSigDB signatures オープン

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 64/100

waldronlab/agent-protocols#18 · 2026年9月12日に作成
Protocol: PADOG: pathway analysis with down-weighting of overlapping sets against BugSigDB signatures オープン

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#17 · 2026年9月12日に作成
Protocol: Over-representation analysis of microbe sets against BugSigDB signatures オープン

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

waldronlab/agent-protocols#16 · 2026年9月12日に作成
Protocol: resampling test for signature replicability within a condition オープン

advanced atomic-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#15 · 2026年9月12日に作成
Protocol: sample-size-weighted metasignature pooling by body site and condition オープン

advanced atomic-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

waldronlab/agent-protocols#14 · 2026年9月12日に作成
Protocol: semantic similarity between signatures at mixed taxonomic levels オープン

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#13 · 2026年9月12日に作成
Composite protocol: generate a hypothesis from BugSigDB, test it in individual-participant data オープン

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

waldronlab/agent-protocols#12 · 2026年9月12日に作成
Protocol: assemble a case-control cohort from curatedMetagenomicData オープン

atomic-protocol bioinformatics data-curation good-first-protocol microbiome

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#11 · 2026年9月12日に作成
Composite protocol: systematic review of BugSigDB signatures for one condition オープン

blocked composite-protocol microbiome statistics

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

waldronlab/agent-protocols#10 · 2026年9月12日に作成
Protocol: cluster and display a signature similarity matrix オープン

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

waldronlab/agent-protocols#9 · 2026年9月12日に作成
Protocol: Jaccard similarity between signatures at a single taxonomic level オープン

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

waldronlab/agent-protocols#8 · 2026年9月12日に作成
Protocol: Monte Carlo critical frequency for recurrent taxa across signatures オープン

atomic-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

waldronlab/agent-protocols#7 · 2026年9月12日に作成
Protocol: taxon frequency table with a binomial test of reported direction オープン

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 62/100

waldronlab/agent-protocols#6 · 2026年9月12日に作成
Protocol: study characteristics table for a set of curated signatures オープン

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 78/100

waldronlab/agent-protocols#5 · 2026年9月12日に作成
Protocol: assemble and QC a BugSigDB signature subset for a condition オープン

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

waldronlab/agent-protocols#4 · 2026年9月12日に作成
Define authentication expectations for private federated nodes オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 65/100

waldronlab/agent-protocol-standard#25 · コメント 1 件 · 2026年9月11日に作成
Define a canonical fully-qualified name syntax for protocols オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

waldronlab/agent-protocol-standard#24 · コメント 1 件 · 2026年9月11日に作成
Support ad-hoc protocol repositories outside the central registry オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 42/100

waldronlab/agent-protocol-standard#23 · コメント 1 件 · 2026年9月11日に作成

waldronlab

最新の 100 件のみ表示しています

新しい issue をメールで受け取る