Add Xenium Explorer GeoJSON import
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
既存のエントリーポイントは spatialdata_io.xenium_explorer_selection です。まずそこから始め、issue で言及されているヘルパースクリプトと比較してください。GeoJSON loader が名前付きポリゴンを shapes にパースし、名前と色を保持し、選択された細胞をテーブルに関連付けられれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Problem
Xenium Explorer can export selections as CSV of coordinates or GeoJSON. If the selection area is large, it will refuse to export CSV. CSV is also less compatible with packages like GeoPandas.
Proposed solution
I'd like a spatialdata_io loader similar to spatialdata_io.xenium_explorer_selection. Ideally, I would like it to be able to parse the polygon(s) and store them in the shapes and the cells within the selection in the table. If there are multiple named polygons in the GeoJSON, I would like the names/colours to be preserved. This is biologically very useful, for example in a scenario where multiple tissue sections have been profiles as part of one Xenium 'area'/one output file.
Alternatives
spatialdata_io.xenium_explorer_selection and using CSV of the polygon is the alternative.
I've written a helper script to do this for the dataset I'm working on, perhaps it could be made into a PR with a new function with a little help @LucaMarconato 😊
- 主要言語
- Python
- スター
- 105
- フォーク
- 64
- 平均マージ
- 17日 22時間
- マージ済み PR（30日）
- 2
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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