Add Xenium Explorer GeoJSON import
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
现有的入口点是 spatialdata_io.xenium_explorer_selection；从这里开始，并将其与 issue 中提到的辅助脚本进行比较。完成的标准是：GeoJSON loader 能将带名称的多边形解析为 shapes，保留名称和颜色，并将选中的细胞与表格关联起来。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Problem
Xenium Explorer can export selections as CSV of coordinates or GeoJSON. If the selection area is large, it will refuse to export CSV. CSV is also less compatible with packages like GeoPandas.
Proposed solution
I'd like a spatialdata_io loader similar to spatialdata_io.xenium_explorer_selection. Ideally, I would like it to be able to parse the polygon(s) and store them in the shapes and the cells within the selection in the table. If there are multiple named polygons in the GeoJSON, I would like the names/colours to be preserved. This is biologically very useful, for example in a scenario where multiple tissue sections have been profiles as part of one Xenium 'area'/one output file.
Alternatives
spatialdata_io.xenium_explorer_selection and using CSV of the polygon is the alternative.
I've written a helper script to do this for the dataset I'm working on, perhaps it could be made into a PR with a new function with a little help @LucaMarconato 😊
- 主要语言
- Python
- 星标
- 107
- 派生
- 65
- 平均合并
- 17 天 22 小时
- 30 天内合并 PR
- 2
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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