Add Xenium Explorer GeoJSON import
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Điểm vào hiện có là spatialdata_io.xenium_explorer_selection; hãy bắt đầu từ đó và so sánh với helper script được đề cập trong issue. Hoàn thành nghĩa là một GeoJSON loader phân tích các polygon có tên thành shapes, giữ nguyên tên và màu sắc, đồng thời liên kết các cell đã chọn trong bảng.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Problem
Xenium Explorer can export selections as CSV of coordinates or GeoJSON. If the selection area is large, it will refuse to export CSV. CSV is also less compatible with packages like GeoPandas.
Proposed solution
I'd like a spatialdata_io loader similar to spatialdata_io.xenium_explorer_selection. Ideally, I would like it to be able to parse the polygon(s) and store them in the shapes and the cells within the selection in the table. If there are multiple named polygons in the GeoJSON, I would like the names/colours to be preserved. This is biologically very useful, for example in a scenario where multiple tissue sections have been profiles as part of one Xenium 'area'/one output file.
Alternatives
spatialdata_io.xenium_explorer_selection and using CSV of the polygon is the alternative.
I've written a helper script to do this for the dataset I'm working on, perhaps it could be made into a PR with a new function with a little help @LucaMarconato 😊
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 105
- Fork
- 64
- Merge trung bình
- 17 ngày 22 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/spatialdata-io
-
documentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 bình luận ·
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 bình luận ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsCó thể đã có người làm @adamjtaylor đã nhận 91 ngày trước. Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reaction ·
-
Visium in matrix market formatĐang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Tất cả issue của scverse/spatialdata-io
Issue tương tự
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 80/100
521xueweihan/HelloGitHub#4063 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 62/100
Vanilla-OS/apx-gui#112 ·
-
Devstral and Voxtral: section 5 fails in us-east-1 with 400 "Model does not support audio modality"Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
aws-samples/sample-per-model-bedrock#409 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
DuckDB 2.0 breaks to_pyarrow_batchesCó thể đã có người làm @DG47 đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
ibis-project/ibis#12196 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày