Read `cell_feature_matrix` in market format
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
io.xenium エントリポイントから始めて、現在どのように cell_feature_matrix を読み取っているかを確認します。その処理経路を scanpy read_10x_mtx の workaround および sdata.tables['mydata'] への代入と比較します。workaround で現在失われている情報を失うことなく、market 形式の Xenium データを reader 経由で読み込めれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Some Xenium datasets deposited in GEO lack h5 file format and instead decided to upload market format. For example: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM8253804
Of course it is possible to ask the authors to update the record. But maybe it is useful and better for other cases like this to add the ability to read the file in market format? Perhaps also then it is possible to add support for zarr in case someone decides to upload that one instead?
For now, I have tried to workaround this but the only solution was to avoid reading the AnnData entirely, read the file with scanpy and then assign it to sadata.tables. Following this code:
sdata = io.xenium(".", cells_table=False, cells_as_circles=False, cells_boundaries=False, nucleus_boundaries=False)
adata = sc.read_10x_mtx("cell_feature_matrix")
sdata.tables["mydata"] = adata
But of course this causes a lot of information to be missing and this may cause other problems. Is there any other way to work around this issue?
- 主要言語
- Python
- スター
- 103
- フォーク
- 64
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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